مختبر الاحياء المجهرية في كلية العلوم ويقع في الطابق الثاني في البناية الرئيسية والمختبر مجهز بأحدث الاجهزة المختبرية الضرورية لأجراء البحوث في مختلف الاختصاصات كالأحياء المجهرية والبيولوجية  والكيمياء الحياتية  ويستقبل المختبر عدد من الباحثين وطلبة الدراسات العليا (الماجستير والدكتوراه) الذين استفادوا من امكانيات المختبر لأجراء بحوثهم المتقدمة والتي نشرت في عدد من المجلات المرموقة.